熱水鍋爐的使用會產生水垢，而水垢的去除是需要技巧的。熱水鍋爐應以防垢為主，其水質須因爐、因水制宜地進行處理，并達到國家標準，以防結垢，熱水鍋爐除垢防垢的最佳方式是電子除垢器來清除水垢。

1.機械除垢

主要采用洗管器、刮刀、鏟刀等工具，有時還配合水力沖洗進行機械清除。此法比較簡單，成本低，但勞動強度大，除垢效果差，易損壞金屬表面，只適用于除垢面積小，且結構簡單便于機械工具鏟到水垢的中小型蒸汽鍋爐。

2.酸洗除垢

常用鹽酸加緩蝕劑，有時還加入氟化物、表面活性劑等添加劑，進行酸洗。酸洗對燃氣熱水鍋爐碳酸鹽水垢和鐵銹垢除垢較徹底，對硫酸鹽和硅酸鹽垢作用較差，需配合堿煮轉型進行除垢。

3.電子除垢器清洗

電子除垢器是利用物理電脈沖來清除管道帶有黏性的水垢晶體，不需要切開管道設備，也無需加鹽酸等化學物理，電子除垢設備較前面兩種除垢方式的優勢在于，它不需要停工停產，直接將脈沖帶綁在管道外壁，通電即可，長期使用電子除垢器可以使管道內壁生成一層碳酸保護膜，從而達到抑垢除銹的效果。